Научной основой Института спелеологии и карстологии является его инфраструктура, многолетние базы статистических данных, крупная специализированная библиотека с архивными материалами и штатные сотрудники.
- В Институте создана профильная научно-техническая библиотека по карсту и спелеологии, к настоящему времени насчитывающая свыше 15000 источников. Библиотека вошла в число шести мировых центров документации карста и пещер Международного спелеологического союза (UIS).
- В институте ведется несколько баз данных, наиболее обширной является Кадастр пещер Крыма, насчитывающей сведения о более 1200 пещер полуострова.
- Институт является продолжателем традиций карстологической школы В.Н. Дублянского.
За довольно короткое время своего существования Институт успел выполнить несколько десятков научно-исследовательских и научно-технических проектов национального и регионального уровней, среди которых многолетние академические темы, грантовые проекты и хозяйственно-договорные работы. Сотрудники института опубликовали более 100 научных работ, среди которых крупные монографии и научные статьи в ведущих журналах. С 2009 по 2014 гг при Институте издавался собственный международный научный журнал "Спелеология и карстология". Институт спелеологии и карстологии участвует в программах международных организаций по исследованию карста и пещер и осуществляет двусторонее и многостороннее сотрудничество с национальными и карстолого-спелеологическими институтами и другими научными организациями германии, Италии, Китая, Польши, Румынии, Словении, США, Турции, Чехии и других стран.