Создан в марте 2006 г. на базе Таврического национального университета им. В.И. Вернадского.
Учебно-методический научный центр «Институт спелеологии и карстологии» является правопреемником научно-исследовательского центра «Украинский институт спелеологии и карстологии» и основывает свою деятельность на научном, научно-прикладном и информационном наследии ряда специализированных карстолого-спелеологических подразделений и научных школ, существовавших в СССР в различные периоды:
- Комплексной карстовой экспедиции АН УССР (1958—1963) и Отдела карстологии и селей ИМР АН УССР (впоследствии Мингеологии УССР — 1958—1971); руководитель — кандидат геолого-минералогических наук Б.Н. Иванов;
- географического факультета ТНУ и его лаборатории карстологии и спелеологии (1971—2006); руководители — доктор геолого-минералогических наук В.Н. Дублянский и доктор географических наук Б.А. Вахрушев;
- карстолого-спелеологического отряда Института геологических наук АН УССР (1979—1992), руководитель — доктор геологических наук А.Б. Климчук, а также на сотрудничестве в рамках Института специалистов в области спелеологии и карстологии, работающих в других научных учреждениях стран СНГ.
Создание Института спелеологии и карстологии именно в Крыму обусловлено как чрезвычайно широким развитием карста (около 84% территории РК) и пещер (свыше 1000), так и давними и прочными традициями карстолого-спелеологических исследований на полуострове. Институт является научным центром национального масштаба, активно участвующим в международном сотрудничестве в области карстологии и спелеологии.