Сотрудники Института опубликовали около 100 научных работ, среди которых десять монографий, несколько десяткой научных статей в ведущих журналах на русском и английском языках. С 2014 г. были выполнены научно-исследовательские и научно-технические проекты национального и регионального уровней, среди которых многолетние академические темы, грантовые проекты и хозяйственно-договорные работы, среди них:

• Совершенствование критериев идентификации гипогенного спелеогенеза с целью решения связанных с карстом прикладных проблем;
• Антропогенная активизация карста в пределах урбанизированных территорий Республики Крым;
• Происхождение, возраст и оценка ресурсов подземных вод артезианских бассейнов Равнинного Крыма по изотопно-геохимическим данным;
• Разработка методических указаний по созданию базы данных и информационно-поисковой системы «Кадастр пещер России и крупных пещер ближнего зарубежья»;
• Разработка эволюционно-генетического подхода к прикладным проблемам карста;
• Организация системы мониторинга динамических параметров среды пещера Кизил-Коба;
• Проведение мониторинга опасных природных процессов и антропогенного воздействия на среду особо охраняемого геологического объекта «Пещера Скельская»;
• Проведение мониторинга опасных природных процессов и антропогенного воздействия на среду особо охраняемого геологического объекта «Пещера Красная»;
• Инженерно-карстологические изыскания при строительстве объездной дороги г. Симферополя на участке Дубки-Левадки;
• Эколого-карстологическое обследование площадок размещения мобильных газотурбинных электростанций и складов ГСМ на территории Севастополя и Сакского района;
• Инженерно-карстологические изыскания при строительстве магистрального газопровода «Кубань-Крым»;
• Спелеологические и инженерно-карстологические изыскания на участке обнаружения карстовой пещеры в районе поселка Зуя при строительстве федеральной автотрассы «Таврида»;
• Определение современного состояние карста в пределах муниципального образования городской округ г. Симферополя;
• Развитие экспериментальных методов изучения карстовых водообменных систем на примере Крымского полуострова;
• Пещера Таврида как депозитарий научной информации о генезисе и эволюции карста и основа для палеогеографических реконструкций и оценки карстоопасности в Крымском регионе;
• Трассирование карстовых вод северо-западной части Долгоруковского массива и его отрогов;
• Создание научно-образовательного и спелеотуристического культурно-просветительского комплекса на базе карстовой пещеры Таврида» (внутриуниверситетский);
• Инженерно-карстологические изыскания при реконструкции нефтянной базы в Сакском районе;
• Инженерно-карстологические изыскания при строительстве военной части в г. Симферополе на ул. Кубанской;
• Инженерно-карстологические изыскания при строительстве больницы в бухте Омега в г. Севастополе.

Научной основой Института спелеологии и карстологии является его инфраструктура, многолетние базы статистических данных, крупная специализированная библиотека с архивными материалами и штатные сотрудники.

• В Институте создана профильная научно-техническая библиотека по карсту и спелеологии, к настоящему времени насчитывающая свыше 15000 источников. Библиотека вошла в число шести мировых центров документации карста и пещер Международного спелеологического союза (UIS).
• В институте ведется несколько баз данных, наиболее обширной является Кадастр пещер Крыма, насчитывающей сведения о более 1200 пещер полуострова.
• Институт является продолжателем традиций карстологической школы В.Н. Дублянского.

За довольно короткое время своего существования Институт успел выполнить несколько десятков научно-исследовательских и научно-технических проектов национального и регионального уровней, среди которых многолетние академические темы, грантовые проекты и хозяйственно-договорные работы. Сотрудники института опубликовали более 100 научных работ, среди которых крупные монографии и научные статьи в ведущих журналах. С 2009 по 2014 гг при Институте издавался собственный международный научный журнал "Спелеология и карстология". Институт спелеологии и карстологии участвует в программах международных организаций по исследованию карста и пещер и осуществляет двусторонее и многостороннее сотрудничество с национальными и карстолого-спелеологическими институтами и другими научными организациями германии, Италии, Китая, Польши, Румынии, Словении, США, Турции, Чехии и других стран.

Фундаментальные, поисковые и прикладные исследования, консультации и научно-методические мероприятия по проблемам пещер и карста:

• актуальные направления карстолого-спелеологических исследований;
• охрана и использование пещер (пещеры ООПТ, оценка уязвимости, микроклимат, экскурсионное благоустройство, менеджмент, реабилитация, исследование заброшенных выработок);
• использование и охрана водных ресурсов карста (оценка и прогноз, выявление карстовых водоносных систем, определение областей питания карстовых источников, распространение загрязнений, трассирование карстовых вод, охранные зоны);
• проблемы строительства, инженерии и горнодобывающей деятельности в карстовых районах (оценка и прогноз провальной опасности, противокарстовые меры);
• проблемы геоэкологии карстовых районов;
• картирование и документация пещер и карста, кадастр пещер, ГИС-технологии;
• пещеры и карст в образовательной, познавательной, масс-медийной сферах;